причём здесь хтацесс? проверка происходит скриптом, а никак не сервером.

пробуй другие расширения php3, php4, phtml, etc.

у меня был случай, когда проверка происходила только в расширениях, написанными строчными буквами, а .PhP, .PHP скрипт пропускал. тоже попробуй.