Тебе нужно открыть два терминала и сначала сделать 'cd' в папку с файликами burp в обоих терминалах.
После этого запускаешь keygen в первом терминале, путь к лоадеру не абсолютный (т.е jar файлик будет в рабочей директории)
Лоадер выдаст тебе комманду на запуск burp (loader command) - копируешь её и выполняешь во втором терминале.
Терминал с запущенным кейгеном не закрываешь, он должен будет работать фоном.

Пробовал открывать лоадер из "проводника" двойным кликом, после чего уже в терминале запускал burp, но мне кажется весь процесс лучше выполнять в консоли для надежности

Проверено на предыдущих версиях 1,7.* и на последней бете тоже - пашет на ура.