Есть неплохая утилитка-органайзер под windows - RightNote.
Очень она полюбилась мне тем что совмещает в себе кучу всего. Можно упорядоченно хранить просто записи, код, экселевские таблицы, html, и т.д. и т.п.
При этом все криптуется при необходимости, синхронизируется с Evernote, присутствует мощный поиск, теги, есть портатитвная версия, утилита поддерживается и регулярно обновляется и все такое
Вобщем огонь. Но только под винду.
Никто, случаем, не встречал нечто подобное но под линух? Не очень хочется заморачиваться с запуском из-под wine