Я конечно не сильный в win (в большей части специализируюсь по unix), но уверен, что на сервере есть список ежедневных задач.

Task Scheduler/WinST/OS(FILE) Backup Scheduler/ или что-то вроде того. По сути файл можно вставить в задачи. Ну и конечно нужно посмотреть что там вообще за софт в задачах и в самой ос устрановленны, можно к уже существующему подгрузить добавив к -console твой exe,com(к примеру на те, которые запускают часто или с переодичностью). Так же, если есть возможность править, то попробуй открыть порт радмина - 4899, или какого-нибуть vnc.