VBox - это просто виртуальная машина VM, которая заточена на работу под конкретно взятым ЦП CISC х86. А Qemu - это уже эмулятор не только процессоров х86, но и ряда других архитектур, например RISC - AVR, SPARC и т.д. В дефолте эмуляторы проигрывают в скорости работы вирт.машинам, т.к. EMU вынуждены перехватывать буквально все инструкции ЦП, в то время как VM только привилегированные. Но если ваш ЦП поддерживает технологию виртуализации VTх/d, то эмуляцией инструкций чужого процессора занимается уже гипервизор, и тогда скорость на порядок повышается.

В то-же время, на уровне VTх сейчас способны работать и все 64-битные вирт.машины, в т.ч. и VBox. Таким образом, если вы не планируете изучать архитектуры кроме х86, вполне достаточно и удобней использовать именно виртуальные машины, а не эмуляторы (хотя желательно пощупать и то и другое).