у тебя есть шелл и ты хочешь скачать какую то папку с файлами
себе в комп (я правильно понял)допустим site.ru/
идешь на другой сайт с твоим другим шеллом
и там вводишь команду
wget [опция] http://site.ru (адрес твоей папки с файлами)
и все должно скопироваться на твой 2 сайт с шеллом
а там уже упакуешь и скинешь себе в комп попробуй zip'ом
упаковать