Так ты что хочешь то? Именно чтоб суидник работал под нужным тебе юзверем(ftp например), а не под веб-сервером? В таком случае нужно в коде суидника прописать uid и guid юзверя, а не рута(0). Можно еще настроить php как cgi/fcgi - тогда все скрипты будут работать от того же юзера, что и владелец файлов(обычно тот же, что и ftp и ssh твоего аккаунта).