Я вообще не понимаю сути проблемы.

Ubuntu это самый толковый линукс дистр, ставишь ламп и тестишь свои сайты, для удобной разработки юзаешь Эклипс, а вин приложения запускаешь через вайн

Некоторые уники умудрялись вижуал студию и офис поднять на линухе с помощью вайна, так что куда бедному олсубмитеру тягаться с такими детищами Билли Кустика...

ИМХО если ты хочешь просто поиграться с линью то забей и не заморачивайся, я хоть и люблю Бубунту, но юзаю её на данный момент тока на серве, а на десктопе ХРюша

П.С. на счёт Убунты с флехи: ну зачем оно тебе надо? ставь как вторую ось и не создавай себе лишних проблем