Недавно надо было файлы перещить из linux в windows. Нумачался изрядно: глючили оба варианта - как чтение ext3/ext2 из винды, так и запись через ntfs-3g в linux.
Если файлы не имеют большой размер, возможно, имеет смысл юзать систему fat32.
Важные данные я бы не рискнул так переносить: записал бы на DVD-диск или через сеть перекинул.