пробуйте сначало залить файл .htaccess с уже подгатовленным кодом, а затем уже свой шелл

вот пример кода в хакцесе:

но хакцесс вроде разрешен в версиях до 2007 года и естественно хакцеса изначально не должно быть в заливаемой папке