Хм, вообще конечно после обновления CMS, и удаления файлов необходимо поменять тонну паролей. FTP, Mysql, админ панели, email, все что может быть завязано с доступов. Иначе это будет продолжаться бесконечно.

И лучше почитать логи, и выяснить как ломают. Может просто на компьютере локально FTP вирь сидит.