Ну куча не куча, но особо сильно на производительность не влияет. Что с того если они где-то остаются? Это тоже самое как от винды в маке постоянно Thumbs.db попадаются, что есть, что нет толку никакого. Если сильно надо .DS_Store по ФТП не отправлять - поставь CutFTP для мака, в своствах укажи не отправлять файлы .DS_Store. А про флешки не заморачивайся, так уж мак устроен, если бы не было нужды мак их бы не создавал.