Cnалкивался, когда два винта стоит в системе, один из них периодично выключается, дабы сохранять жизнь ему, естественно когда происходит обращение к винту он секунды две три тупит(запускается опять). Лечится в настройках экономии энергии снятием галочкой "Переводить диски в режим сна". Может быть в этом проблемма.