Если опыта работы с Linux маловато - Ubuntu Server лучший выбор. Хотя есть некоторые моменты, из-за которых ее в качестве сервера некоторые не рассматривают.

CentOS - хороший выбор, но прийдется немного больше уделить внимания, в отличии от убунты

FreeBSD новичку я бы не рекомендовал ставить