Честно говоря с такой ситуацией за 11 лет работы системным администратором в не самой мелкой компании не сталкивался ни разу. Ведь по умолчанию создаваемые файлы не скрываются. Скрыть файл нужно специально - может быть копать в сторону ПО которым копируют файлы на флешки?