Тебе нужно объединить эти функции в одну, FtpFindAllFiles, в которой будут образовываться 2 листа. В первом листе будут файлы, а во втором директории. Т.е. эта функция после заполнения буффера закроет handle поиска, и при обработке листа с директориями ты сново сможешь вызвать эту функцию. Единственная проблема, что при рекурсивном поиске, тебе прийдётся хранить все эти листы в памяти, но учитуя что это ftp, а не файловая система, это не будет большой особой проблемой.

Added:
Если бы я писал прогу, я бы этой либой тоже не пользовался, не такой уж и сложный протокол, всего несколько комманд и ИМХО гораздо проще создать сокет и общятся с сервером на прямую, и код будет более портабильный.