Если залитые тобой .htaccess файлы в принципе работают(хоть какие опции), то значит php использует механизм верификации uid-gid, те suexec или подобное. Те без выставления от юзера под которым вертится веб-сервер и на которого делается сверка идентификаторов на залитый файл - он не будет исполнятся. Если htaccess который ты заливаешь не работает в принципе - значит в конфиге самого апача выставлены правила определенным образом, запрещающие тебе сделать AddHandler.