Еще как при чем. magic_quotes_gpc режет GPC массивы. Кавычки `бейсятся` и естественно пропускаются через magic_quotes попадая далее в последующую функцию.

Далее по делу:

http://site/?cmd=eval($_SERVER[HTTP_USER_AGENT]);

И модифицируй к виду HEADER: HTTP_USER_AGENT-> file_put_content('uploader.php','upload php code');

Это если php5 - если 4 пофантазируй. В пути также на директорию должны быть права.

Я не знаю какие у тебя ограничения в твоем случае. Мб поможет, в данном случае использование не GPC массива снимет слеширование через magic_quotes и прозволит использовать кавычки и указывать пути.