Вот эти нормальные:
RegCleanr
RegSupreme Pro
jv16 PowerTools

Я их последовательно запускаю если что, каждая последующая находит больше предыдущих. Но можно думаю и только последней обойтись. Нормальная, с сохранением копии. Проблем никогда не было с ними в отличие от других. Лишнего не стирают.

Ещё есть Norton WinDoctor 2006, тоже неплохая вещь. Но думаю есть и поновее. CCleaner - стоит в автозагрузке.

Но лучше сперва, посмотреть дефрагментацию винчестера, с этим может быть связано. Потом нагрузку на процессор в момент тормозов, температуру процессора. Если какая-то программа берёт на себя все ресурсы, снизить её приоритет. Вот неплохая утилита: http://technet.microsoft.com/ru-ru/sysinternals/bb963902 Или это может с сетью связано.