если я правильно понял, вы проверки выполняете не из под безопасного режима, а рекомендуется из под него, чтобы всякий софт в процесс не вмешивался. а в идеале вообще в безопасном режиме с поддержкой консоли (или винт подкинуть к другой системе и там прогнать).