Было такое, оказалось что загрузчик совсем не там где я его искал...
И кстати boot.ini удалили еще в висте: http://www.ipmnet.ru/~sadilina/Windows/224.html

Мой компьютер -> свойства -> доп. параметры системы -> "загрузка и восстановление"
пройдя по этому пути вы увидите все варианты в отличии от msconfig