Если не вдаваться в подробности, то разница в максимальном размере файла... В FAT32 это что-то около 3 Гб, если память не изменяет, а NTFS поддерживает практически любые размеры файлов...

NTFS имеет смысл, если требуется хранить большие файлы. Для фоток и FAT32 сойдёт.

Ну а умирание флешек с файловой системой - дико сомневаюсь, что хоть как-то связаны...