FAT32 в основном используют для создания самозагружаемых флешек, к примеру для установки ОС. В остальных случаях FAT32 не конкурент NTFS, особенно если у вас флешки большого объема. Про безопасность NTFS - защита обходится довольно легко, так что это никак не преимущество перед FAT32