По наблюдениям чаще обращаю внимание что приносят не исправные флешки именно в FAT, поэтому для рядовых пользователей просто форматирую в NTFS и строго предупреждаю что бы не выдергивали флешки просто так, без безопасного извлечения.

А вообще надо смотреть по потребности, в конкретных случаях.