Всегда стараюсь форматировать в NTFS, т.к. иногда появляется необходимость залить файл больше 4 Гб, но с некоторой техникой он не совместим и приходится писать в FAT32, например, был удивлён, когда музыка не стала читаться на муз центре в спортзале) Ещё один минус фат - лучше отключать флешку через трей, а то существует риск того, что файлы пропадут. NTFS можно "небезопасно" дёргать флеху)