Несколько раз приходилось восстанавливать информацию с флешки, так с ntfs все восстанавливалось почти без проблем, с максимальным кпд. А с фатовскими фелшками приходилось хорошо повозится, некоторые файлы так восстановить и не удалось. Поэтому, если информация важная на флешке (документы или базы какие-нибудь) то лучше в ntfs держать, хоть и при копировании мелких файлов скорость немного меньше.