ну для баз все равно ничего особо лучше чем mysqldump не придумали. Простой батник с добавлением переменной даты-времени в имя файла на исполнение по расписанию.
По файлам я бы тоже предложил подобное же решение, но вижу что вам обязательно галочки надо ставить...)