1) расположен в первом секторе ЖД

- называется нулевой сектор )

2) пользовательскую палитру.

- не палитру, а таблицу для знакогенератора.

3) зачем мучаться с кусками. Тупо сделай один файл на 3 сектора. И целеком запиши за один раз. зачем тебе переходить на другие сектора и прочие, если у тебя всё и так имеет размер кратный сектору. после компиляции файл сразу перегоняй в вид достаточный для записи и записывай его сразу.