+1 за ncdu

yum install ncdu

ncdu /
с корня удобнее всего смотреть
либо начиная с нужного каталога:
ncdu /нужный_каталог
либо с текущего каталога:
ncdu ./

И наглядно увидишь в отсортированном виде какие каталоги/файлы больше всего места занимают, и прямо в его интерфейсе можно лазить по директориям в глубь и смотреть что съедает память

В первую очередь посмотри сколько весят логи. Вангую ими больше всего забито пространство бессмысленно