Вероятно запущенные процессы удерживают открытыми дескрипторы уже удалённых файлов, что не позволяет освободить занятое место ФС.

Список дескрипторов и процессов можно получить например так:
sudo lsof -a +L1
Пример строки от меня:

Код:


php процесс с pid 17455 удерживает deleted дескриптор файла размером в 1гб.

Далее адресно разбираться с процессами.