Привет

Рекомендую изучить тему пакетных менеджеров, то что запускается в шеле.
Это выглядит вот как-то так :

подробнее в гугле много где описано, например тут

по флэтпакам - лучше не стоит из использовать, если можно поставить из обычного пакета.
Флэтпак может занимать в десятки , иногда и в сотни раз больше места, так как он представляет собой пак с софтом и со всеми библиотеками + зависимостями в комплекте. То есть пакет с запредельной избыточностью.

В то же время если сидеть на последней актуально версии линуха и обновлять ОС при выходе следующей стабильной или LTS (с долгой поддержкой) версии, то проблем с софтом не будет.

Кстати и просто обновлениями не стоит пренебрегать, благо современные линухи отлично умеют и отображать наличие оных в трее, и делать авто-апдейты если включить эту функцию.

По сотфам вроде скайпа, погуглите, вроде "fedora skype install"
для них обычно надо добавить свой репозитарий (источник установки софта) от производителя софта, и далее оно само тоже обновляется автоматом.

PS: по федоре. на вкус и цвет всем оно по разному, но если еще не присели на федору плотно, попробуйте Linux Mint с оболочкой Cinnamon.
Это версия Ubunta LTS , заточенная на удобство и простоту для привыкших в винде пользователей . С хорошей поддержкой, для этой ОС подходят те же пакеты и советы, что и для убунты.