Учите матчасть! root пользователь mysql в данном случае обеспечивает FILE_PRIV. root mysql никакого отношения к system user ROOT не имеет. Все операции от пользователя под которым запущен mysql сервер (обычно mysql системный юзер). Как вам и советуют - надо искать директории на которые выставлены права на запись для кого-либо помимо овнера.