В рутовом терминале. Сначала нужно запустить wpa_supplicant, например:

wpa_supplicant -Dwext -iwlan0 -C/var/run/wpa_supplicant -B

Затем запустить wpa_cli, и в его командной строке запускать wps_reg и по желанию - любые другие команды. Также можно в рутовой консоли набрать wpa_cli wps_reg $BSSID $PIN — тогда оно отработает эту команду и вернётся в терминал. Если всё сделано правильно, но всё равно не соединяется — тогда уже не знаю, у меня такое тоже было