Собственно настройки расположены в /root/.<directory> для каждой соответствующей программы. Например, для MC - /root/.mc/*. Это для пользовательских программ.
Для системы в целом - /etc/*.
Это - все, что отличает один конкретно настроенный livecd от другого конкретно настроенного livecd.
Для сохранения настроек достаточно копировать их на floppy а затем при запуске системы примонтировать его и перезапускать отдельно взятые сервисы (например, Х-сервер) для схватывания тех самых настроек. Есть способ более геморройный. Необходимо распаковать образ slax из iso и там править файл stage3-default.tgz, из которого в дальнейшем при загрузке системы берутся настройки.
Если у кого-то есть идеи - пишите. Тема интересная.

__________________

..когда же кто-нибудь выпустит MD5(Unix) брутер на GPU.... жду....