Мой 1 способ:
1) делаем батник который добавит фаил на авто загрузку в реестре
2) запихиваем в само распоковывающийся архив батник и прогу, настраиваем архив на незаметное извлечение и запуск батника.

Мой 2 способ:
1)создаем само распоковывающийся архив и запихиваем в него нашу прогу, в настройках архива выставляем создание ярлыка в папке автозагрузки.