Идея на нова. Проще сделать следить за контрольной суммой ф-лов и директорий. Написать скрипт, который из крона каждые 5 минут будет это проверят. В случае изменения контрольной суммы файла\директории создавать страничку "ворненг! одей сплойтенг детектед!" и закрывать доступ к сайту
А твой способ не сработает при банальном протраянивании файла.