Есть смысл менять расширение на любое проходящее фильтр лишь при LFI/RFI инклудах. Так как при инклуде файла не важно его расширение, оно будет интерпретироваться php как исполняемый скрипт.

Во всех остальных случаях - расширение файла - один из самых важных и тонких моментов.