Как сервер узнает, какую команду выполнять? Чисто физически браузер не передает серву участок кода с ssi...

Можно сделать у формы экшн на ифрейм, который ведет на скрипт, который в свою очередь прописывает код в .shtml-файл и перенаплавляет на него посылкой хеадера Location.