Поднял виртуалку с такими же характеристиками и настройками PHP.

Нулл-байт работает отлично, всё-таки у этого товарища какой-то пропатченный PHP, так что NULL вырезается.

Просканировал этим инклюдом директории на наличие всяких шеллов в закрытых снаружи папках (cache, hooks). Ничего.

Дальше не знаю куда копать.