не знаю можно ли скрыть cmd (точно можно, но хз как), но есть функция ShellExecute()
Вот ей можешь выполнять теже комманды что и в cmd в скрытом режиме. Как не знаю, ей не пользовался. Только что вот запустил ей блокнот:
В MSDN написано, там есть скрытый режим. Так что думаю можно юзать стандартного виндового фтп клиента с помощью этой функции не заметно.