php сплоиты нужно запускать сразу с опциями, php.exe sploit.php site.com (или что-то другое).
Я б на твоем месте поставил - kali linux 3 + mate (это оболочка, ибо gnome 3 глючит - звиздец).
Там тебе и сканер, и метасплоит, и еще много всяких свистелок и перделок .
Может такое быть, что ты все сделаешь правильно, и сплоит будет рабочий, но виндовс будет говорить - дядя, иди в баню