1. Создаешь БД
2. Пишешь в таблицу, скажем, prefix_files, инфу которая хранит в себе имя(/категорию) файла, а так-же дату заливки файла.
3. Создаешь и вешаешь на крон скрипт, который будет чекать невалидные по срокам файлы и удалять их.