Я как-то давно как раз задавался этим вопросом. И тогда, считай, для себя написал на Delphi конвертер. Что он может? Он может конвертировать из swf в exe множество заданных ему из коммандной строки файлов флэшей. Можно выбрать версию результирующего флэш-exe от 3 по 8.
Но на данный момент уже имеет недостатки: некотоорые флэши не обрабатываются, слишком большого размера тоже не всегда берёт. И язык конвертера и взятых основ-прожекторов флэш - белорусский.
Как пользоваться: установить программу, после установки в меню SendTo появиться новый пункт SWF_to_EXE. Выбрать нужные файлы и отправить их на обработку. Выложено с сорцами.

BEFlashConverter.rar (1,88Мб)

PS: в том же любом чистом прожекторе Flash есть эта опция. Очистить прожектор от вложенного флэша можно предназначенным для этого ПО или вручную, удалив из exe все данные, начиная с последней FWS (46 57 53) в его теле.

PPS: Для m0nzt3r: для этого тоже есть программа EXEtoSWF, автор Александр Асябрик. У меня она есть, можно скачать здесь или скачать там.