Есть сайт http://site.com

Есть шелл на этом сайте и возможность получить root-а

Вопрос: как закрепится в системе, если раз в 24 часа происходит откат всех файлов из бекапа?

Вариант с подменой архива с бекапом - не вариант.

Mysql вертится на другом сервере.