Специально для тебя разжевываю 2 вещи:
1. "Залогофена" - Log Off - Пользователь не авторизовался в системе. Не влияет на выполнение программ из веб шелла.
2. Читай внимательно начало темы. Шелл уже залит.

Теперь по сабжу. Топикстартер, самый простой вариант, почему у тебя не выполняються комманды системы (в том числе и на исполнение файлов) это так назаваемый Safe Mode режим работы Apache сервера. Прежде чем выполнять exe или bat, попробуй выполнить комманду tasklist. Если оны выполниться, а программы - нет, то дело, скорее всего в дополнительной защите сервера. Впрочем это довольно большая редкость (доп.защита).

__________________
...