Ну COM - это уже отжившее своё.
Такчто в любом случае лучше компилить EXE
Хотя у комов размер меньше.

Вообще у ассемблеров не очень большое различие.
Вот я с легкостью перешел с TASM на FASM и при этом я понял, что с FASM'a надо было начинать с самого начала. Потому что на нем можно тварить чудеса.
// Анекдот в тему: Решил хакер блины печь, первый блин как всегда вышел Комом, а второй уже EXE'шником