ну если дело на то пошло, то в NTFS вместо FAT юзается системный файл с именем $MFT
вот если затереть его, то уже восстановить врядли удастся виндовыми утилитами.
Хотя EasyRecovery запросто найдет все файлы на винте. вот тока названия не будет у них.