Dnschef запускаю так.

nohup /root/dnschef-0.3/dnschef.py -i 0.0.0.0 --logfile=log.txt --file=hosts.txt

Скрин файла hosts.txt

http://prntscr.com/96vwhl

Пробелов нет, лишних символов тоже. Кодировка UTF-8.

Лог запуска в папке dnschef создался.

Лог запуска в папке root создался. Содержание как на этом скрине:

Все перепроверил - все ок. Запускаю - та же история.